از علمای بزرگ تهران و امنای شاه وقت ( ناصرالدین شاه قاجار ) و سایر طبقات مردم به دیدار ایشان رفتند و درخواست کردند که به تهران بیایند، ایشان هم قبول کردند به تهران آمدند و در تهران در مسجد مروی به اقامه نماز جماعت و وعظ و ارشاد پرداختند.

شیخ جعفر یک خطیب توانا با بیانی رسا و بلیغ بود. موعظه ها و سخنان او که از تقوا و زهد والایی نشأت میگرفت، آنچنان به او شهرت داده بود که فقاهت ایشان را تحت الشعاع قرار داده بود. پس از مدتی چون مسجد مروی گنجایش جمعیت زیاد را نداشت ایشان به پیشنهاد شاه، به مسجد سپهسالار اقامه نماز و خطابه میکردند، به گفته یکی از شاگردان او، چهل هزار نفر در این جماعت شرکت میکردند. این مرد بزرگ در اوایل ماه شوال همان سال به طرف خراسان رفت در آنجا مریض شد، با این حال در نماز جماعت شرکت میکرد و مردم را موعظه می نمود، اثر انفاس قدسیه و موعظه های ایشان به نحوی بود که علما و مجتهدین و مستمعین مثل مجلس روضه، گریه و ناله میکردند. اقامت ایشان در خراسان یک ماه هم کمتر شد، دوباره به تهران برگشت. از همان دهه اول و چند روز از دهه دوم محرم آن سال در تهران منبر رفت. در این ایام صدر اعظم و بسیاری از مردم به دیدار او رفتند. روزی هم ناصرالدین شاه به دیدار ایشان رفت و به ایشان پیشنهاد کرد که در تهران بمانند اما شیخ گفت که دوست دارم این مشت استخوان در جوار حضرت ابوتراب، به تیره تراب سپرده شود. پس از آن شیخ، تهران را به قصد نجف ترک کرد که در اواخر ماه صفر به «کرند» در غرب ایران رسید. در آن روز به دلیل بیماری شدید نماز صبح ایشان قضا شد، اما قضای آن را نزدیک صبح به جا آورد و در حالی که زبانش به ذکر خدا گویا بود به لقاء معبود شتافت.سه فرزند پسر ایشان بنام های ابراهیم، اسماعیل و محمدعلی بودند. بعضی از اساتید ایشان: شیخ اسماعیل کاظمی، شیخ محمدحسن صاحب جواهر، شیخ مرتضی انصاری، شیخ علی بن جعفر کاشف الغطاء و ... بسیاری از شاگردان و افراد هم از او اجازه روایت داشتند. تألیفات ایشان هم:

1- همان منهج الرشاد که رساله علمیه شیخ به زبان فارسی است.
2- الخصائص الحسینیه، پاره ای از اخبار مصائب و کنایات آثار ائمه در آن تألیف نموده است.
3- مجالس المواعظ، حاصل چهارده مجلس در سال 1297 در نجف اشرف.
4- فوائد المشاهد و نتایج المقاصد. این کتاب حاصل 59 مجلس از مواعظ مرحوم شیخ است که در سالیان آخر عمر شریفش در کربلا و نجف و کاظمین ایراد کرده است.
5- و کتاب اصول دین که ممکن است همان کتاب «الحلائق» باشد.

رحلت این مرد الهی در 20 یا 28 صفر 1303 در سن 73 سالگی می باشد.