عزلت کرد و از آن به بعد به تربیت و ارشاد مریدان خود پرداخت. خواجه علاءالدین عطار و خواجه محمد پارسا از مریدان و خلفاء او بودند. سلسله خواجه نقشبند از زمان سید امیر کلال که استاد و مربی او بود، تا یک قرن بعد که خلافت سلسله به «خواجه محمد پارسا و خواجه سعدالدین کاشغری و خواجه عبیدالله احرار» رسید.

همیشه مورد حمایت و تکریم و اعتقاد پادشاهان و شاهزادگان تیموری بود. پادشاهان ازبک هم در ماوراءالنهر به این سلسله با همین نظر احترام می نگریستند. جامی شاعر نیز با آنان معاصر بود و از آنها به ادب و احترام یاد می کرد و خودش به این سلسله از صوفیه منسوب بوده است. طریقت شیخ بهاء الدین نقشبند به معروف کرخی می رسید. او ذکر قلبی را بر ذکر زبانی ترجیح می داد و سلسله نقشبند را پایه گذاری کرد. سال های آخر عمر خودش را در همان زادگاهش به سر آورد و سرانجام در همانجا درگذشت. سال وفات او را 790 یا 791 هـ ق گفته اند و مدت طول عمرش 72 یا 73 سال بوده است.

از آثار او:
دلیل العاشقین
حیات بخاری یا حیات نامه
رساله قدسیه
الاوراد البهائیه
و تنبیه الغافلین است.