اواخر عمرش مصادف با حکومت کریم خان زند بود.

اساتید:
مرحوم بیدآبادی در اصفهان نزد علمای بزرگی، علوم را فرا گرفت. حدیث و علوم نقلی را از: میرزامحمدتقی الماسی (از نوادگان ملامحمدتقی مجلسی) و از او اجازه روایت داشت. حکمت را از: ملااسماعیل خواجوئی مازندرانی و محمدتقی الماسی و به نقل از برخی، حکمت را از: ملاعبدالله حکیم. او از مریدان و ارادتمندان، قطب الدین نیریزی، از پیشوایان سلسله ذهبیه بود، اگرچه قطب الدین، از پیروان مکتب صدرالدین شیرازی نیز، به شمار می رود. او سپس در اصفهان، به تدریس علوم نقلی و عقلی و شرح فصوص و مصباح الانس و تمهید القواعد پرداخت. مدتی در مدرسه حکیم، به تدریس قرآن مشغول شد. شاگردان بسیاری تربیت کرد و دیگر آثار در عرفان نظری را تدریس داشت. بیدآبادی به جز حکمت صدرالمتألهین، فلسفه مشاء و حکمت اشراق را درس می گفت و بعد نقش مهمی در رواج فلسفه ملاصدرا، داشت. تا زمان او هنوز حکمت صدرایی، به جریان مسلط تبدیل نشده بود، این مکتب اگرچه مورد توجه ارباب حکمت بود ولی مقام شایسته خود را به دست نیاورده بود. بطور عمده در سلسله ای که با شاگرد برجسته او، آخوند ملاعلی نوری شروع شد، گسترش یافت. در علوم نقلیه نیز، دارای حوزه علمی معتبر بود.

شیوه اخلاقی و عرفانی او:
تعالیم اخلاقی و عرفانی، از دیگر جنبه های شخصیت اوست. بیدآبادی را نمی توان پیرو هیچ طریقه صوفیانه ای دانست. اینکه او را به قطب الدین نیریزی منتسب کرده اند، جایگاهش را به عنوان واسطه ای در اتصال برخی سلسله های عرفانی به نیریزی، نشان می دهد. مانند صدرالدین کاشف دزفولی که از طریق او، به مکتب نیریزی، مربوط شده است و سیدعلی شوشتری که شاگرد بزرگ شیخ انصاری در فقه و از پیشوایان سلوک اخلاقی در حوزه نجف، با صدرالدین کاشف دزفولی مرتبط بود و به همین ترتیب شاگرد او، ملاحسینقلی همدانی و پیروانش تا عصر حاضر، در مسیر معنوی خاص خود، مدیون تعالیم بیدآبادی بوده اند. شیوه عرفانی وی، مبتنی بر جمع میان ظاهر و باطن، شریعت و طریقت و حقیقت است. به این معنا که: انسان باید ظواهر شریعت را پاس بدارد ولی فقط به ظواهر اکتفا نکند، بلکه هم خود را در بدست آوردن باطن و سر آنها، به کار گیرد. زیرا راه رستگاری در پیروی قولی، فعل و عمل و حالی از اولیاء خداست. از این رو آقامحمد، علاوه بر علوم نظری و نقلی، به درس اخلاق پرداخته و مشتاقان را به سلوک راه معرفت و توحید، هدایت میکرد. عده ای از این بزرگان معرفت، به عتبات عالیات رفتند و در نجف و کربلا ساکن شدند. از جمله: برخی شاگردان: سید بحرالعلوم؛ صاحب رساله سیر و سلوک، آخوند ملا فتح علی؛ فقیه و اصولی مشهور و مدرس معروف آقاسیدمرتضی کشمیری، آقاسیداحمد حائری، آقامیرزاعلی قاضی تبریزی، حاج میرزاجواد ملکی تبریزی، آقاشیخ محمد بهاری، که هر یک از این ها، نادر دهر و فرید عصر خود بودند. عده ای دیگر از بزرگان علما و قرن 13 هجری قمری نیز، از شاگردان ایشان بودند. از جمله: 1- آخوند ملاعلی نوری 2- ملامحراب گیلانی 3- آخوند ملانظرعلی گیلانی 4- میرزاابوالقاسم خاتون آبادی (اصفهانی) 5- سیداسماعیل جزائری 6- ملاعبدالکریم اشراقی قاینی 7- میرزامحمدمهدی شهید اصفهانی خراسانی 8- حاج محمدابراهیم کلباسی (کرباسی) که بنا به وصیت پدرش، بیدآبادی سرپرستی او را به عهده گرفته بود، علم و اخلاق و دینداری و تربیتش زیر نظر او بود، تا زمانی که بزرگ شد و از علما و فقهای مشهور گشت.

شیوه زندگی:
زهد و حالات آقامحمد بیدآبادی در زندگی و سلوک اخلاقی اش، بسیار مشهود بود. در هیئت ظاهری و کسب معاش، بسیار ساده و با قناعت و در نهایت فروتنی می گذراند و به کمترین توشه از دنیا بسنده می کرد. گفته شده که در سالهای قحطی اصفهان مدت 6 ماه به خوردن گزر (خام یا پخته) قناعت می کرد و اینکار را با خوشرویی و از ته دل انجام میداد و هیچوقت از وضع زندگی خود یا روزگارش، شکایت نکرد. مقام و منزلت زیادی نزد دولتمردان داشت از وزراء و بزرگان مملکتی پیش او می آمدند و کسب فیض میکردند. از آن جمله، وکیل الدوله ثانی ایران (مرادعلی خان زند) با کمال تعظیم به دیدنش آمد و اشراف و اعیان، او را افتخار خودشان میدانستند و آرزو میکردند که "آقا" از آنها درخواستی کند و آنها انجام دهند ولی هیچگاه او درخواستی نکرد و به نظر آنها اهمیتی نمی داد.

دیدگاه فقهی او درباره نماز جمعه:
او نماز جمعه را واجب عینی می دانست و چون نمی توانست در آن زمان به امام جمعه اصفهان اقتدا کند، برای رعایت شرط فاصله، هر هفته به روستای "رنان" در اطراف شهر میرفت و نماز را آنجا میخواند. بنابر آنچه که از نامه آخوند ملاعلی نوری شاگرد بزرگش بدست آمده، بیدآبادی اعتقاد داشت که در زمان غیبت، جز راه احتیاط، هیچ راه دیگری نیست.

وفات و مدفن او:
این بزرگمرد عالم تشیع، در سال 1198 هـ ق، در اصفهان دار فانی را وداع گفت. بنابر وصیت او که گفته بود بر آرامگاه و قبر او بنایی نسازند و آن را آباد نکنند، مزارش مدت 60 سال به همان منوال بود تا اینکه به دستور رکن الملک در سال 1254 ق، عمارت چهارتاقی مختصری بر قبرش در تخت فولاد بنا کردند. مردم اصفهان بر زیارت آنجا مداومت دارند.

آثار:
بیدآبادی چون علاقه ای به تألیف و به جا گذاردن آثارش نداشت، لذا آثار او پراکنده و اغلب، نامه هایی است که به شاگردانش به خصوص در سیر و سلوک نوشته است.

آثار چاپی:
1- آداب السیر والسلوک؛ رساله ای به زبان عربی در جواب فقیه میرزاابوالقاسم گیلانی معروف به میرزای قمی.
2- التوحید علی نهج التجرید یا مبدأ و معاد یا رساله توحیدیه؛ رساله کوتاهی است به فارسی.
3- حسن دل؛ در سیر و سلوک و اخلاق (بلندترین نامه فارسی او).
4- حواشی بر اسفار صدرالمتألهین.
5- دستورالعمل اخلاقی.
6- دو رساله در سیر و سلوک؛ پاسخ به سیدحسین قزوینی و فصلی در آداب تخلیه و تحلیه به فارسی).
7- پندنامه یا رساله همتیه؛ نامه ای به فارسی برای عده ای از شاگردانش.
از او نامه های دیگری به فارسی و عربی در دستورهای اخلاقی است.

آثار خطی:
1- تفسیر قرآن کریم؛ خلاصه ای از تفسیر غرایب القرآن نظام الدین نیشابوری
2- حاشیه بر مشاعر ملاصدرا
3- حاشیه بر معانی الاخبار شیخ صدوق
4- رساله ای در کیمیا؛ مشهور است که او دستی در کیمیا داشته است.
5- جنگی در کیمیا؛ که از کتابهای مختلف جمع آوری و نسخه ای از آن به خط او موجود است. او آثار دیگری داشته که نسخه ای از آنها در دست نیست.